Главное управление Генерального штаба было образовано в 2010 году в результате переименования из Главного разведывательного управления Генерального штаба Вооружённых сил Российской Федерации. Оно возникло после распада СССР, когда 7 мая 1992 года был подписан международный договор об окончательном разделении остатков Вооружённых сил СССР и указ Президента Российской Федерации о создании Вооружённых сил Российской Федерации.
Есть данные, что ещё в 1990-х годах Главное разведывательное управление называлось Главным управлением.
Главному разведывательному управлению Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации достались все учреждения и формирования специального назначения на территории России, которые ранее входили в структуру Главного разведывательного управления Генерального штаба ВС СССР.